MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Calothrix sp. PCC 6303 plasmid pCAL6303.03

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019752	AT	3	6	16	21	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_019752	AT	3	6	48	53	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_019752	TGG	3	9	1514	1522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_019752	CAT	2	6	1524	1529	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_019752	TAA	2	6	1546	1551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_019752	TGTA	2	8	1605	1612	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_019752	TCA	2	6	1646	1651	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_019752	ACCAT	3	15	1692	1706	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_019752	A	6	6	1714	1719	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_019752	TCA	2	6	2443	2448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_019752	CTG	2	6	2450	2455	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_019752	CCT	2	6	2464	2469	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_019752	CTTTT	2	10	3498	3507	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_019752	AGT	2	6	4024	4029	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_019752	AAT	2	6	4040	4045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_019752	CAAG	2	8	4068	4075	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_019752	TAA	2	6	6038	6043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_019752	ATA	2	6	6107	6112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_019752	ATC	2	6	6896	6901	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_019752	AAT	2	6	6908	6913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_019752	AAT	2	6	8491	8496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_019752	CCAA	2	8	8516	8523	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_019752	GTC	2	6	8619	8624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_019752	T	6	6	8679	8684	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_019752	TCC	2	6	8740	8745	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_019752	GTT	2	6	8747	8752	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_019752	CTT	2	6	8756	8761	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_019752	AAT	2	6	8803	8808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_019752	CTG	2	6	8910	8915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_019752	A	6	6	8917	8922	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_019752	TAC	2	6	8923	8928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_019752	CCAA	2	8	8943	8950	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_019752	TTC	2	6	9007	9012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_019752	GTC	2	6	9046	9051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_019752	T	6	6	9106	9111	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_019752	TCC	2	6	9166	9171	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_019752	CTT	2	6	9182	9187	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_019752	TAA	2	6	9196	9201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_019752	AATA	2	8	9202	9209	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_019752	ATA	2	6	9225	9230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_019752	TA	3	6	9229	9234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_019752	AATC	2	8	9287	9294	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_019752	AT	3	6	9446	9451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_019752	TTAT	2	8	9454	9461	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_019752	TA	3	6	9473	9478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_019752	TAA	3	9	9484	9492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_019752	CT	3	6	9639	9644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_019752	ATA	2	6	9717	9722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_019752	ATTT	2	8	12763	12770	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_019752	GTTT	2	8	12783	12790	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_019752	AAT	2	6	12794	12799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_019752	TTTG	2	8	12838	12845	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_019752	GTTT	2	8	12910	12917	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_019752	TTG	2	6	14486	14491	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_019752	GCG	2	6	14507	14512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_019752	GCT	2	6	14553	14558	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_019752	GGA	2	6	14582	14587	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_019752	TTG	2	6	15940	15945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_019752	TAGTA	2	10	16087	16096	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_019752	GA	3	6	16908	16913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_019752	CGTCA	2	10	16981	16990	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_019752	GGA	2	6	16993	16998	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_019752	TTA	2	6	17039	17044	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_019752	AAT	2	6	19142	19147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_019752	TC	3	6	19293	19298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_019752	C	6	6	19306	19311	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
67	NC_019752	A	6	6	19312	19317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_019752	CAA	2	6	19332	19337	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_019752	A	8	8	19336	19343	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_019752	A	7	7	19396	19402	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_019752	A	6	6	19527	19532	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_019752	AAG	2	6	19879	19884	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_019752	GAAA	2	8	19886	19893	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_019752	TCGC	2	8	19917	19924	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_019752	CAAA	2	8	19940	19947	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_019752	A	6	6	19963	19968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_019752	CAA	3	9	20037	20045	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_019752	TTA	2	6	20076	20081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_019752	GTA	2	6	20090	20095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_019752	CCG	2	6	24509	24514	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_019752	ATTT	2	8	24596	24603	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_019752	CAT	2	6	24633	24638	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_019752	ATT	2	6	24797	24802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_019752	GAT	2	6	24845	24850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_019752	T	6	6	24880	24885	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_019752	TAT	2	6	24893	24898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_019752	ATT	2	6	24997	25002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_019752	CATT	2	8	25005	25012	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_019752	ATT	2	6	25082	25087	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_019752	TC	3	6	25110	25115	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_019752	ATT	2	6	26597	26602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_019752	TAA	2	6	27158	27163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_019752	TC	3	6	32226	32231	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_019752	CTT	2	6	32260	32265	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_019752	GTA	2	6	32276	32281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_019752	TCA	2	6	32384	32389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_019752	A	7	7	32436	32442	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_019752	CAA	2	6	32468	32473	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_019752	CGA	2	6	32626	32631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_019752	CAA	2	6	32711	32716	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_019752	ATC	2	6	32729	32734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_019752	GCAAT	2	10	32783	32792	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_019752	CAATTT	2	12	32813	32824	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_019752	ATC	2	6	32825	32830	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_019752	GATG	2	8	32926	32933	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_019752	CAGCA	2	10	32989	32998	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_019752	GTT	2	6	33045	33050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_019752	ACA	2	6	33061	33066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_019752	CAAG	2	8	33070	33077	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_019752	TACT	2	8	33189	33196	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_019752	ACC	2	6	33256	33261	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_019752	TTA	2	6	33275	33280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_019752	TCA	2	6	33471	33476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_019752	TTA	2	6	35653	35658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_019752	AAG	2	6	35667	35672	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_019752	ATA	2	6	35751	35756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_019752	TCT	2	6	35779	35784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_019752	A	7	7	35795	35801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_019752	ATT	2	6	36072	36077	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_019752	TA	4	8	36084	36091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_019752	TTA	2	6	36119	36124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_019752	A	6	6	36150	36155	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_019752	AGT	2	6	36187	36192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_019752	ATC	2	6	39229	39234	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_019752	TGT	2	6	39284	39289	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_019752	CCT	2	6	39344	39349	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_019752	TGAA	2	8	39385	39392	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_019752	TGCATT	2	12	39448	39459	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_019752	TGG	2	6	39485	39490	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_019752	CTA	2	6	39506	39511	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_019752	AATAT	2	10	39538	39547	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_019752	GGC	2	6	39584	39589	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_019752	GAA	2	6	39635	39640	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_019752	CCCG	2	8	39661	39668	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
135	NC_019752	TAT	2	6	39750	39755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_019752	TCAG	2	8	40653	40660	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_019752	AAT	2	6	40762	40767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_019752	TGA	2	6	43646	43651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_019752	ATTA	2	8	43664	43671	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_019752	TACT	2	8	43677	43684	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_019752	T	6	6	43722	43727	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_019752	TAA	2	6	43806	43811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_019752	TAG	2	6	43833	43838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_019752	C	6	6	45855	45860	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
145	NC_019752	ACTT	2	8	45894	45901	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_019752	AGCGAT	2	12	45912	45923	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_019752	GAAGT	2	10	45953	45962	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
148	NC_019752	AATT	2	8	46089	46096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_019752	ATTT	2	8	46112	46119	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_019752	ATT	2	6	46155	46160	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_019752	T	8	8	46159	46166	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_019752	TCT	2	6	46205	46210	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_019752	A	9	9	46211	46219	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_019752	AAT	2	6	46222	46227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_019752	T	6	6	46287	46292	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_019752	TAA	2	6	46304	46309	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_019752	GTT	2	6	46326	46331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_019752	TTA	2	6	46386	46391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_019752	CTT	2	6	46437	46442	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_019752	AT	3	6	55271	55276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.